Attraverso concorsi e selezioni, l'Accademia del Santo Spirito ha costituito un’Orchestra specializzata nell’interpretazione della musica dell'epoca barocca su strumenti dell'epoca: tutti i suoi componenti ne hanno approfondito la prassi esecutiva con alcuni dei maggiori esperti al mondo. Spalla dell'Orchestra è Alessandro Conrado. Dalle sonate e triosonate con l'Ensemble strumentale, ai concerti, le suites, le ouvertures e le grandi composizioni vocali e strumentali (cantate, messe, oratori) con l'Orchestra a pieno organico, i musicisti dell'Accademia suonano sia senza direttore, sia sotto la guida di alcuni dei più affermati specialisti del repertorio.